Анализ нуклеотидных последовательностей

Поиск гомологий в банках данных.

Поиск нуклеотидных последовательностей, гомологичных выявленным фрагментам ДНК, проводили с помощью BLAST® (Basic Local Alignment Search Tool) - набора компьютерных программ поиска гомологий, разработанных для быстрого анализа всех доступных баз данных последовательностей, каковыми являются Genbank, EMBL, DDBJ и PDB.

Данный сервис доступен по веб-адресу http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/.
При использовании программ оставляли предложенные их разработчиками параметры поиска.

Критерии CpG-островков.

При анализе CpG-островка используют три основных критерия: распределение CpG динуклеотида по нуклеотидной последовательности, GC состав и длина последовательности. Для оценки распределения CpG динуклеотида вычисляется показатель Н/Т по следующей формуле:

H = n х N

T ~ NC х NG

где H - наблюдаемое число CpG динуклеотидов; T - теоретическое число CpG динуклеотидов; n - число CpG в последовательности; N - общее число нуклеотидов в последовательности; NC - число остатков цитозина; NG - число остатков гуанина. Для CpG островков этот показатель > 0.6. Характерной особенностью CpG островков является так же повышенный GC состав, который определяется как доля цитозиновых и гуаниновых нуклеотидов в составе последовательности. Для CpG островков данный показатель превышает 0.5. Длина CpG-островка колеблется от 200 н.п. до нескольких тысяч, составляя в среднем 1 т. н. п.

При анализе нуклеотидной последовательности на наличие CpG-островка использовалась компьютерная программа предсказания CpG-островков - WWWCPG program (http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwcpg.pl). В данной программе использовались следующие критерии CpG-островков: длина более 200 п.н., GC состав > 0.5, показатель Н/Т > 0.6 (Gardiner-Garden and Frommer 1987). Наличие повторов в последовательности ДНК определяли с помощью компьютерной программы обнаружения повторов REPEAT (http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwrepeat.pl).
Задать вопрос врачу онлайн
<< | >>
Источник: Петренко А.А. Анализ метилирования днк при раке шейки матки. 2003

Еще по теме Анализ нуклеотидных последовательностей:

  1. Шаг 4. Будьте последовательны
  2. Метод последовательного отбора проб
  3. Игры с нарушением последовательности действий
  4. Последовательность интубации
  5. Парамиозин Оpisthorchis felineus: последовательность кДНК и изучение рекомбинантного фрагмента парамиозина
  6. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ ПРОРЕЗЫВАНИЯ ЗУБОВ И СОСТОЯНИЕ ЗДОРОВЬЯ РЕБЁНКА
  7. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ УПРАЖНЕНИЙ ПРИ ТЕТРАПЛЕГИИ
  8. Последовательность действий при СЛР
  9. СИМУЛЬТАНТНЫЕ И ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНЫЕ ОПЕРАЦИИ У БОЛЬНЫХ НЕМЕЛКОКЛЕТОЧНЫМ РАКОМ ЛЕГКОГО С ОТДАЛЕННЫМИ МЕТАСТАЗАМИ
  10. Последовательность выполнения операции ручного обследования по-лости матки
  11. Последовательность действий при остановке гипотонического кро-вотечения
  12. Анализ результатов психологического анализа 1 и 2 периодов деятельности привел к следующему пониманию обобщенной структуры состояния психологической готовности
  13. ПСИХОЛОГИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ВОЕННОГО СПЕЦИАЛИСТА В БОЮ НА ОСНОВЕ СИСТЕМНО-СИТУАТИВНОГО АНАЛИЗА ДЕЯТЕЛЬНОСТИ (ССАД)
  14. Особенности ветеринарно-санитарной экспертизы мяса и мясных продуктов на продовольственных рынках (документация, правила доставки, последовательность осмотра и методы исследования).